会社設立の登記の登録免許税｜税率と最低額、法務局での納め方、手数料との違いまで

会社設立の費用のなかで、いちばん大きく、しかも誰がやっても省けないのが登録免許税です。登記を申請するときに国に納める税金で、株式会社なら最低15万円、合同会社なら最低6万円。金額の決まり方は単純ですが、資本金との関係、収入印紙で納めるのか電子納付にするのか、定款認証の手数料とは何が違うのか、と周辺の論点がいくつも絡みます。このページでは、会社設立の登記にかかる登録免許税について、知っておくべきことを順番に並べました。

会社設立の登記にかかる登録免許税とは何か

登録免許税は、登録免許税法という法律にもとづいて、登記や登録を受けるときにかかる国の税金です。不動産の登記にもかかりますが、会社設立の場面では、法務局に設立の登記を申請するときに納めるものを指します。

株式会社は、本店の所在地で設立の登記をすることによって成立します。つまり会社設立の最後の関門が登記で、その登記を受けるための税金が登録免許税だ、という位置づけです。定款を作り、資本金を払い込んでも、この税金を納めて登記を申請しなければ会社は生まれません。

誰が手続きをしても金額は変わりません。司法書士に頼んでも、自分で申請しても、紙で出してもオンラインで出しても、同じ資本金なら同じ税額です。会社設立の費用のうち、やり方の工夫で減らせない部分の代表がここになります。

計算式や端数の扱いを条文から確かめたい人は、次の記事で一つずつ追っています。

くわしくはこちらの記事登録免許税とは何か｜会社設立の登記で納める税の計算方法を、端数の扱いまで会社設立の登記で納める登録免許税の考え方と計算のしかたです。資本金の額から求める式と、定款に書いた資本金との関係、端数処理まで扱います。

出典（一次情報）e-Gov法令検索「登録免許税法」2026年9月15日確認
登録免許税法の別表第一に、商業登記の区分ごとの課税標準と税率が並んでいます。

登録免許税の税率と最低額｜株式会社15万円・合同会社6万円

会社設立の登記の登録免許税は、資本金の額に1,000分の7を掛けて求めます。パーセントで言えば0.7%です。ただし会社の種類ごとに最低額があり、計算した額がそれに届かないときは最低額を納めます。100円未満の端数は切り捨てです。

最低額が効いてくる範囲はかなり広いです。株式会社では資本金がおよそ2,143万円まで、合同会社ではおよそ857万円までは、計算しても最低額に届きません。会社設立で資本金を数百万円にするなら、株式会社は15万円、合同会社は6万円と覚えておけば足ります。

端数の扱いも一度だけ確かめておきます。たとえば資本金2,500万5,000円の株式会社なら、0.7%を掛けると17万5,035円です。100円未満を切り捨てて17万5,000円が税額になります。資本金が最低額の範囲に収まる会社設立では端数を気にする場面はありませんが、資本金を大きくする場合は、申請書に書く金額を一円単位まで定款と払込証明書に合わせたうえで計算してください。

株式会社と合同会社の差は、最低額のところで9万円です。会社設立の実費で両者の差が大きく開くのは、この登録免許税と、株式会社だけにある定款認証の手数料の二つが重なるためです。

出典（一次情報）国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」2026年9月15日確認
株式会社の設立の登記は資本金の額の1,000分の7（15万円に満たないときは申請件数1件につき15万円）、合名会社または合資会社は1件につき6万円、合同会社は資本金の額の1,000分の7（6万円に満たないときは6万円）と示されています。

会社設立の資本金と登記｜課税標準は登記する資本金の額

登録免許税の計算のもとになる金額を、課税標準といいます。会社設立の登記では、それが登記する資本金の額です。申請書には「課税標準金額」という欄があり、そこに資本金の額を書きます。

資本金の額は、会社設立の流れのなかで三か所に現れます。定款に書いた出資の額、払い込んだ金額を示す払込証明書、そして登記の申請書です。この三つがそろっていないと、登録免許税の計算以前に、登記そのものが補正の対象になります。

1. 定款で、設立に際して出資される財産の価額（またはその最低額）を決める。
2. 発起人の口座に出資の金額を払い込み、払込証明書を作る。
3. 申請書の課税標準金額に資本金の額を書き、その0.7%と最低額を比べて登録免許税を出す。

資本金を決めるときに、登録免許税だけを見ていると判断を誤ります。株式会社の場合、資本金を100万円にしても1,000万円にしても税額は15万円で変わりません。資本金の額で費用が動くのは、むしろ定款認証の手数料のほうです。

逆に、会社設立のあとで資本金を増やすと、そのたびに増えた額の0.7%（最低3万円）がかかります。最初は小さく始めてあとから増やすか、最初にある程度入れておくか。資本金を決めるときには、この後々の登記の費用も視野に入れておくと判断しやすくなります。

出典（一次情報）法務省「株式会社の設立手続（発起設立）について」2026年10月18日確認
法務省の案内でも、株式会社の設立登記の登録免許税は資本金の額に1,000分の7を乗じた金額（15万円に満たないときは15万円）とされています。

登録免許税を法務局でどう納めるか｜収入印紙・電子納付・現金納付

登録免許税は、会社設立の登記を申請する法務局に、申請と同時に納めます。あとから納付書が届く税金ではありません。納め方は三つあり、どれを使っても金額は同じです。

紙の申請書で会社設立の登記を出す人がいちばん多く、その場合は収入印紙を台紙に貼って綴じます。ここで定款の印紙と取り違えないことが大切です。紙の定款に貼る印紙には消印をしますが、登記の申請に添える印紙には自分で消印をしません。法務局の側で確認したうえで処理されます。

オンラインで申請するなら、電子納付が使えます。法務局の案内では、代表取締役本人がマイナンバーカードとICカードリーダライタを使って株式会社の設立登記を申請する手順が示されていて、その途中に登録免許税の納付の段階があります。印紙を買いに行かなくて済む反面、納付情報の期限内に納めないと手続きが先に進みません。

15万円分の収入印紙は、近くの郵便局に大きな額面の在庫がないこともあります。法務局の庁舎内や近くで売っていることが多いので、申請の当日に買う段取りにしても間に合います。買い方、台紙の作り方、電子納付の画面の流れは次の記事で詳しく扱っています。

くわしくはこちらの記事登録免許税の納め方｜収入印紙の買い方から電子納付まで、会社設立の登記で迷わないために会社設立の登記で納める登録免許税の納め方を、収入印紙を貼る方法と電子納付に分けて説明します。台紙の作り方、消印の扱い、印紙をどこで買うかまで扱います。

出典（一次情報）法務局「株式会社の設立登記をしたい方（オンライン申請）」2026年10月18日確認
法務局の案内では、代表取締役本人がマイナンバーカードを使ってオンラインで設立登記を申請でき、登録免許税は電子納付で納める手順が示されています。

登録免許税と手数料の違い｜定款認証の手数料・証明書の手数料

会社設立の費用を調べていると、登録免許税と並んで「手数料」という言葉が出てきます。似たような実費に見えますが、払う先も性質も違います。見積もりを立てるときは、この二つを分けておくと混乱しません。

定款認証の手数料は、公証人手数料令で決まっている公証人への手数料です。資本金100万円未満なら3万円、100万円以上300万円未満なら4万円、それ以外は5万円。令和6年12月からは、発起人が自然人で3人以下、発起人が設立時発行株式の全部を引き受ける、取締役会を置かない、という条件をすべて満たす資本金100万円未満の会社は1万5,000円になりました。

合同会社には定款認証がないので、この手数料はかかりません。会社設立の登記にかかる登録免許税の差と合わせると、株式会社と合同会社の実費の差はここで生まれます。

もう一つ、登記が終わったあとに取る登記事項証明書や会社の印鑑証明書にも、法務局の手数料がかかります。こちらは数百円単位ですが、銀行や税務署に出すために何通も取るので、会社設立の直後にまとめて出ていきます。税と手数料の全体の内訳は、費用のカテゴリーで積み上げています。

出典（一次情報）日本公証人連合会「会社の定款手数料の改定」2026年9月15日確認
株式会社の定款認証の手数料は資本金の額により3万円・4万円・5万円、一定の条件を満たす資本金100万円未満の会社は1万5,000円とされています（令和6年12月1日施行）。

特定創業支援等事業の証明で登録免許税が軽くなる

登録免許税には、会社設立のときだけ使える軽減の仕組みがあります。市区町村が国の認定を受けて実施している特定創業支援等事業の支援を受け、その証明書を会社設立の登記の申請書に添えると、税率が1,000分の7から1,000分の3.5になります。

資本金が小さい会社設立では最低額がそのまま税額になるので、軽減の効果は株式会社で7万5,000円、合同会社で3万円です。登録免許税のなかで、手続きの工夫で額を変えられるのは実質的にこの制度だけです。

制度の根拠や対象になる人の範囲、条文での書きぶりは次の記事で確かめています。

くわしくはこちらの記事会社設立の登録免許税は半額になるのか｜特定創業支援等事業の軽減措置を条文から確かめる会社設立の登録免許税が軽くなる制度があるのかを、所管官庁の案内で確かめます。登記の前に、定款の内容と合わせて条件を読んでおくための記事です。

出典（一次情報）中小企業庁「会社設立時の登録免許税の軽減について」2026年9月15日確認
産業競争力強化法にもとづき、市区町村が実施する特定創業支援等事業の支援を受けた証明を受けると、会社設立時の登録免許税が軽減されると案内されています。

軽減措置を使うなら、証明書と登記の日取りを先に組む

特定創業支援等事業は、市区町村によって中身が違います。創業セミナーや個別相談を複数回受けるのが一般的で、継続して一か月以上の支援が求められることが多くあります。受講を終えてから申請し、証明書が交付されるまでにも日数がかかります。

証明書に書かれた商号や本店所在地が登記の内容と食い違うと、軽減が受けられない場合があると案内している自治体もあります。証明書の申請と定款の作成が並行するので、会社設立の基本事項を早めに固めておくことが段取りの要になります。

申請書には、登録免許税の欄に軽減の根拠となる条文を書き添え、証明書を添付書類に加えます。具体的な書き方、証明書の有効期間の考え方、実際の日程の組み方は次の記事にまとめています。

くわしくはこちらの記事軽減措置を使うときの添付書類と日取り｜証明書をいつ取り、いつ会社設立の登記を出すか登録免許税の軽減措置を使うと決めたあと、証明書をいつ取り、定款の作成や登記の申請とどう順番を組むかを具体的に並べます。添付書類の書き方も扱います。

出典（一次情報）大阪市「特定創業支援等事業について」2026年9月15日確認
大阪市の案内では、市が発行する証明書により登録免許税の軽減等の支援が受けられること、証明書の対象者や申請方法が示されています。

会社設立のあとの登記にもかかる登録免許税

登録免許税は会社設立のときだけの税金ではありません。登記簿に載っている事項が変わり、変更の登記をするたびにかかります。会社設立の段階で定款をどう書くかが、その後に納める登録免許税の回数と総額に効いてきます。

株式会社の取締役には任期があり、同じ人が続ける場合でも重任の登記が要ります。非公開会社なら定款で任期を最長10年まで延ばせるので、一人会社では長めにしておく例が多く見られます。合同会社の業務執行社員には任期がないので、この登記は生じません。

本店移転も、定款に番地まで書いていると、同じ市内での引っ越しでも定款変更が必要になります。定款には最小行政区画までを書き、番地は登記の申請のときに決める、というやり方がよく使われるのはこのためです。会社設立のときに少し先まで見ておくと、余分な登録免許税を払わずに済みます。

出典（解説）RSM汐留パートナーズ司法書士法人「（会社登記）登録免許税の計算方法と、よくある登記の登録免許税」2026年10月18日確認
司法書士法人の解説で、役員変更・本店移転・目的変更・商号変更・増資の登録免許税が一覧にされています。最終的な税額は国税庁の税額表で確認してください。